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Forschungsdatenmanagement der Medizinischen Fakultät

Kontakt: forschungsdaten@medizin.uni-leipzig.de
Telefon: 0341 – 97 16794 (Christof Meigen)
               0341 – 97 15981 (Marcel von Borzestowski)

Introductory Statistics Using R

Die Vermittlung von Datenkompetenz steht im Mittelpunkt dieses Kurses. Der Startpunkt ist die kritische Auseinandersetzung mit wissenschaftlichen Artikeln, insbesondere der Methodik, der Ergebnisse und der Validität der daraus gezogenen Schlüsse (A). Parallel werden Basismethoden der Datenaufbereitung, -analyse und -visualisierung vermittelt (B). Auch hier legen wir Wert, dass die Methoden verstanden und nicht blind angewendet werden. In einer (Re-)analyse von Daten einiger publizierter Artikel aus (A), evaluieren wir die Varianz von Ergebnissen in Abhängigkeit der angewendeten Methode (C).

Der Kurs bietet Nutzenden …

    • Analyse wissenschaftlicher Artikel hinsichtlich statistischer Methodik
    • Basiskompetenzen in R inkl:
          • Datenbereinigung
          • Umsetzung grundlegender statistische Modelle
          • Visualisierung mit ggplot2
    • Deskriptive Statistik
    • Varianz-, Regressions- und Kovarianzanalyse (Grundwissen)

Lernziele

Teilnehmende sind nach dem Kurs in der Lage, eine beschreibende Statistik eines Datensatzes und einfache Tests durchzuführen

Termine (WS 2024/25):

Daten: Dienstags, 22.10.2024-28.01.2025 (am 17.12.2024 findet nicht statt)

Uhrzeit: 14:00-15:30 Uhr

Ort: Rotes Haus, Philipp-Rosenthal-Str. 27, 04103 Leipzig, 2.Etage, Konferenzraum 238

Format: Präsenzkurs

Teilnahmevoraussetzung: eigener Laptop, Zugriff auf das Eduroam-WLAN der Universität Leipzig, gute Englischkenntnisse, um wissenschaftliche Artikel auf englisch lesen zu können

Anmeldung: per E-Mail an elena.rossi@medizin.uni-leipzig.de

Studienmanagement:
REDCap

  • Was ist das?
    • Komplettes System zur Studienverwaltung
    • Onlinefragebögen, Metadatenverwaltung, Qualitätsmanagement, Reporting
    • Verwendung in multizentrischen Studien, für Verwaltungsaufgaben, Promotionsprojekte, langfristige Register
  • Was bieten wir?
    • Nutzerverwaltung/Support
    • Schulungsunterlagen
    • Unterstützung bei anspruchsvolleren Projekten (komplexe Studiendesigns, App, API-Zugriff, skriptgesteuerte Importe)

Klardaten & Pseudonymverwaltung:
LEIM/E-PIX

  • Was ist das?
    • LEIM ist eine einfache Web-Oberfläche für E-PIX/gPAS mit Weiterleitung zu REDCap/XNAT
    • Die E-PIX/gPAS-Dienste werden von der Treuhandstelle des Datenintegrationszentrums betrieben
    • Personen und Pseudonyme erfassen/erstellen, Rechte vergeben, Laufzettel mit QR-Code drucken
  • Was bieten wir?
    • Support
    • Unterstützung bei Layoutvorlagen (z.B. für Laufzettel)

MRT-Bildverwaltung:
XNAT

  • Was ist das?
    • Bild/MRT-Datenbank für den Forschungsbereich
    • Einfacher Upload von MRT-Bildern mit Pseudonymisierung
    • Funktionen zur Vorschau/Markierung (ROI) und automatisierten Verarbeitung
  • Was bieten wir?
    • Nutzerverwaltung/Support
    • Einführung API-Zugriff
    • Unterstützung bei der Integration eigener Pipelines

Elektronisches Laborbuch:
elabFTW

  • Was ist das?
    • Elektronisches Laborbuch zur Protokollierung aller Arbeitsschritte im Labor
    • Rechtssichere Signierung von Experimenten durch Zeitstempeldienst des Deutschen Forschungsnetzes
    • Strukturierte Datenverwaltung durch Vorlagen, Verschlagwortung, nutzerdefinierte Formulare
    • Detaillierte Rechtevergabe durch Teams/Gruppen
  • Was bieten wir?
    • Nutzerverwaltung/Support
    • Unterstützung bei der Erstellung von Vorlagen, Formularen, Strukturierung der Inventarverwaltung
    • Einführung in die Nutzung der API

Mikroskopiedatenverwaltung:
OMERO

  • Was ist das?
    • Mikroskopie-Bilddatenbank für den Forschungsbereich, insbesondere für große Bilddaten
    • Komfortabler Client zum Hochladen großer Datenmengen
    • Plugins für ImageJ, QPath, CellProfiler u.a.
    • Schrittweise Vorschau ohne Herunterladen der kompletten Bilddatei
  • Was bieten wir?
    • Nutzerverwaltung/Support
    • Einführung API-Zugriff
    • Unterstützung bei Entwicklung eigener Import-/Analyseskripte

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